包信和认为，创新不仅仅是科技创新，它是个系统工程，既有科技的，更有体制机制的、市场开拓的。我们要营造有利于创新、有利于人才成长的学术环境和人文环境和文化氛围。创新理念从现在开始，从教育理念就要转变，从孩子起要培养孩子的自信心、独立思考的能力，不迷信、不盲信；而科研人员也要有自信，敢于在发达国家没有涉足、刚刚起步的领域，干一番事业。具体到一个科研机构，要建立竞争择优、公开公正的人才使用机制，让优秀科研人员脱颖而出。
同时，创新是具有前瞻性的。这就要求，要从考评体系上、从激励机制上更多调动和激发科研人员的积极性。比如基础研究领域，要更注重科研人员论文质量而不是数量；技术应用研究，要引导科研人员更好为企业服务，做到产学研有机结合。现在总体来说，科技成果转化能力在提高，一是科研人员观念在转变在适应市场；二是企业更加注重知识产权，自主研发、技术需要增加。科研机构和企业结合越来越紧密，像沈阳分院所属的大连化学物理所、沈阳金属所、自动化所等，经费三分之二来自于企业的横向项目。
建立创新驱动型发展方式，也需要企业转变观念。“东北老工业基地长期以来的困难和经济转型期财力问题，政府和企业对科研投入、对发展高新技术的积极性不高，承接成果转化的能力差。企业愿意拿的都是没有风险、非常成熟科技项目。因此，科研成果在东北的转化就显得较为困难。而在东南沿海地方，政府和企业都主动出击，认准了一项科技成果，有时甚至还不是很成熟，就千方百计挖过来，有些地区已经从简单的引进项目转变为引进团队；而在东北则不然，虽然地方政府很重视成果转化，但很少有企业主动来找科研人员要项目，科研人员不仅要实施‘交钥匙’工程，最好还要帮把市场包装好”这位科学家深有感触地说，“这种观念上的差异，导致科技投入上的差异，最终也必然反映在科技对经济发展驱动上的差异。”
包信和强调，创新驱动、科技立国，最根本的是要从体制机制上，解决科技人员积极性的问题，这也是长期的激励措施。要给企业和科技人员创造发展的条件，包括公平的市场环境、有力的政策支持、鼓励创新的社会氛围。更要尊重创新人才、发明者的劳动成果，承认其个人产权，允许其在创办的企业中拥有一部分股权，为其带来长期收益。让科研人员真正富裕起来，让社会眼红。这样科技人员才能最大地调动积极性，全身心投入。
